1959年10月建科，是成立最早的科室之一。學科點的創(chuàng)始人是我國著名耳鼻咽喉科專家、一級教授李寶實、錢士良和蕭軾之，1964年首次招收研究生。1978年恢復研究生制度后為碩士授予點，1991年又獲得在職碩士學位授予權，1998年成為博士授予點。

建科以來，歷任科室主任是：錢士良、胡雨田、陸書昌、孫愛華、范靜平；

歷任科室副主任是：劉秉壽、陳楚櫻、吳建。

歷任高級技術職務的還有教授、主任醫(yī)師呂光宇、魏新邦、馮文杰、蕭璧君、趙舒薇、廖建春；副教授、副主任醫(yī)師彭玉成、林順漲、王海青、葉青。

目前在科工作的醫(yī)技系列高級職稱9人，中級職稱2人，初級職稱3人，護理系列人員13人。 該科現(xiàn)有編制床位45張，展開床位52張，主要收治內(nèi)耳疾病、聽神經(jīng)瘤、前顱底與側(cè)顱底腫瘤、鼻竇疾病、咽喉與頭頸腫瘤等病種。年均收治病人1500人次，年均手術1300臺次。 經(jīng)過老一代學科帶頭人錢士良、胡雨田、陸書昌等老教授的精心策劃及建設，為學科發(fā)展奠定了良好的基礎。近年來，在現(xiàn)任科主任、博士生導師孫愛華教授帶領下，緊跟國際耳鼻咽喉－頭頸外科學發(fā)展的步伐，在內(nèi)耳疾病與耳神經(jīng)外科、鼻竇解剖與內(nèi)鏡手術、喉與頭頸腫瘤外科等方面形成了專業(yè)特色，在國內(nèi)外、軍內(nèi)外有一定學術地位。

該科承擔第二軍醫(yī)大學五年制、七年制本科及大專等多層次耳鼻咽喉科學教學任務，是全國高等醫(yī)藥院校教材《耳鼻咽喉科學》第五版和《耳鼻咽喉-頭頸外科學》第六版主編單位之一。在研究生教育、進修醫(yī)師培養(yǎng)方面也形成了自己的特色，既注重科研能力、也注重臨床診療水平的提高，畢業(yè)或結(jié)業(yè)學生的質(zhì)量受到軍內(nèi)外好評。

該科醫(yī)療、科研成果突出，獲省部級/軍隊科技進步（醫(yī)療成果）一、二等獎6項，三等獎10余項，其中趙舒薇教授主持的喉癌功能保全性手術，在重建喉功能的同時，顯著提高了中晚期喉癌患者的術后生存率，2001年獲上海市科技進步一等獎。近年來，科室先后獲國家專利5項，獲國家、省部級科研基金8項，主編專著10余部，在國內(nèi)外發(fā)表中英文論著200余篇。